朱允炆當然并不知道臣下的這些義舉，他燒毀了自己的宮殿，然后不知所終，于是歷史上最大的疑團之一誕生了。但其實這個疑團并不是由朱允炆的失蹤開始的，早在朱棣攻入京城時，北軍就接到了一個奇怪的命令，即不入皇城，而是退守龍江驛。很明顯，朱棣并不想背上殺掉自己侄子的罪名，他圍困皇城，給朱允炆自絕或是讓位的時間。
但朱允炆的選擇卻出乎他的意料，燒毀宮殿說明朱允炆并不想讓位，但這位有幾分骨氣的侄子卻也沒有自殺，因為在入宮后，朱棣并沒有找到朱允炆的尸體。既不退位，也不自殺，那就只剩下逃跑了。
朱允炆的下落從此成了千古之謎，此事后來引起了巨大的反響和連鎖效應，而朱允炆的逃走本身就如同一部偵探小說，我們將在后面對此進行詳細地分析，這里暫不詳述。
朱棣終于坐上了他的寶座，他認為這是自己當之無愧的，因為他為之已經付出了太多太多。多少次命懸一線，多少次功敗垂成，才換來了今天的勝利和成功。
而在短時間的興奮后，朱棣立刻意識到，他有更重要的事要做，那就是清除那些反對他坐上皇帝寶座的人。于是歷史上一幕罕見的暴行開演了。
朱棣首先找到的是方孝孺，他知道方孝孺名滿天下，而且道衍早在他攻下京城之前就對他說過："殿下攻下京城后，方孝孺一定不會投降，但你一定不能殺他！如果殺了他，天下的讀書種子就會絕了！"
有這位軍師的警告，朱棣自然不敢怠慢，他預料到方孝孺一定不會輕易投降，但他也不會想到事居然會演變成一次破歷史紀錄的慘劇。
朱棣在大殿接見了方孝孺，他希望方孝孺能夠為他起草詔書，其實所謂起草詔書找其他人也可以，但如果是方孝孺親自寫的，能夠起到安撫天下人心等更好的作用。所以這份詔書非要方孝孺寫不可。
但朱棣絕不會想到，方孝孺應召而來，并不是給他寫詔書的，而是拿出了言官的本領，要和朱棣來一場繼位權的法律辯論。
方孝孺哭著進了大殿，不理朱棣，也不行禮，朱棣十分尷尬，勸說道："先生不要這樣了，我不過是仿照周公輔政而已啊。""
這句話激起了方孝孺的憤怒，他應聲問道："成王在哪里？！"
"自焚死了"
"成王的兒子呢？！"
"國家要年長的君主"
"那成王的弟弟呢？！"
"這是我的家事"
社會青年朱棣終于領教了最佳辯論手兼繼承法專家方孝孺的厲害，他沒有那么多的耐心，讓人拿出了紙和筆給方孝孺，他寫。
方孝孺不寫繼續強方孝孺寫下"燕賊篡位"四字朱棣已經憤怒得喪失了理智 "你不寫，不怕我滅你九族嗎？！"
"誅我十族又如何！"
實事求是地看，方孝孺說這句話并不一定真想讓朱棣去誅滅自己的九族，然而他卻不了解朱棣，朱棣不是那種口口聲聲威脅說不讓你看到明天的太陽之類的話的人，但他卻可以保證明年的太陽一定會照在你的墳頭。
而且他十分精通暴力法則，并且會在適當的時候使用他，至少他的使用技巧已經超過了當年的陳友諒，因為他懂得一條重要準則：
暴力不能解決一切，卻可以解決你 他讓人把方孝孺拉了出去。
方孝孺的最終結局是：凌遲，滅十族 歷史上從來只有九族，但人類又一次展現了他驚人的的創造力。那多出來的一族要感謝朱棣的發明創造，他為了湊數，在屠殺的目錄中加入了方孝孺的朋友和學生。
方孝孺是一個敢于反抗**的人，他雖然死得很慘，卻很有價值，他的行為應該成為讀書人的楷模，為我們所懷念。
（長篇）明朝的那些事兒－歷史應該可以寫得好看[255]
從犯罪心理學的角度來分析，殺人犯在殘殺第一個人時是最困難的，但只要開了先例，殺下去是很容易的。
于是，朱棣開始了他的屠殺 由于下面的內容過于血腥殘暴，我將盡量用簡短文言表達，心理承受能力差者可以免觀。